La terapia manuale ortopedica è principalmente mirata a ridurre il dolore e ad ottimizzare la capacità funzionale del paziente.
Inoltre la rieducazione funzionale ha come cardine la valutazione iniziale, che consta di un accurato esame anamnestico  e  funzionale e che rappresenta il risultato di un processo di ragionamento clinico che porta all’identificazione di impairmets (disfunzioni) reali o potenziali, delle restrizioni della partecipazione sociale e all’individuazione dei fattori che influenzino positivamente o negativamente la funzione del paziente.
L’applicazione della terapia manuale ortopedica si basa su una valutazione complessiva del sistema neuro muscolo scheletrico e delle capacità funzionali del paziente.
Questa valutazione serve a definire le disfunzioni presenti nei sistemi articolare, muscolare, nervoso e in altri sistemi rilevanti e su come questi siano correlati a ciascuna disabilità o limitazione funzionale, come suggerito nella  Classificazione Internazionale della Funzionalità, disabilità e salute (ICF) dell’Organizzazione Mondiale della Salute (WHO).
Allo stesso tempo l’esame tende a distinguere quelle condizioni che costituiscono indicazioni o controindicazioni della terapia manuale ortopedica e/o richiesta di particolari precauzioni, come in caso di varianti anatomiche o di processi patologici che limitano o indirizzano l’utilizzo delle procedure OMT.